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Requisitos das Amostras


NGS - Requisitos Gerais das Amostras

Plataforma MiSeq®/NextSeq®

Amostras de DNA para MiSeq®/NextSeq®

  • Para a preparação das bibliotecas são necessários 1-2 µg de DNA com concentração superior a 10 ng/µL, determinado por fluorometria ou eletroforese em gel de agarose a 1% utilizando como padrão um marcador molecular de 1 Kb.
  • O DNA deverá ser de cadeia dupla, com um grau de degradação mínimo e não conter agentes contaminantes ou RNA. Recomenda-se a verificação da integridade da amostra por eletroforese em gel de agarose a 1% utilizando, como padrão, um marcador molecular de 1Kb.
  • A razão OD260/280, determinada por espectrofotometria (por exemplo, sistema Nanodrop), deverá estar entre 1,8 e 1,95.
  • As amostras de DNA devem ser enviadas em tampão 10mM Tris-HCl, pH 8,0.

Por favor envie a imagem de um gel de agarose a 1% após corrida de 80 ng de amostra, com um marcador molecular adequado.

Amostras de RNA para MiSeq®/NextSeq®

  • Para a preparação das bibliotecas são necessários 1-4 µg de RNA total, determinado por fluorometria.
  • Recomenda-se que a concentração de RNA seja determinada por fluorometria. Para esta quantificação pode ser utilizado o kit Qubit RNA HS Assay.
  • A integridade do RNA deverá ser verificada com o RNA 6000 Pico Chip no equipamento Agilent 2100 Bioanalyzer. Bons resultados são obtidos quando o número de integridade de RNA (RIN) é superior a 8.
  • O RNA deverá ser tratado com DNase para remoção de DNA contaminante.
  • As razões OD260/280 e OD260/230, determinadas por espectrofotometria (por exemplo, sistema Nanodrop), deverão ser ≥ 1,8.
  • As amostras de RNA podem ser enviadas em água ou solução de estabilização (RNAlater) e em gelo seco.

Amostras de DNA para sequenciação de amplicões ou estudo de biodiversidade

  • De forma a garantir a presença de DNA e ausência de contaminantes nas amostras para estudos de comunidades microbianas, estas devem ser previamente testadas através de uma amplificação por PCR. Deverá ser enviado um volume mínimo de 20 µL por amostra.
  • Para a sequenciação de outros amplicões recomenda-se o envio de amostras de DNA com uma concentração ≥ 50ng/µL e uma razão OD260/280 entre 1,75 e 1,95. A quantidade de DNA necessária irá depender do número de fragmentos a sequenciar (100 ng por amplicão).

Após receção das amostras, estas serão avaliadas de forma a verificar se cumprem todos os requisitos de qualidade. Caso as amostras falhem nos procedimentos de controlo de qualidade (quantidade e qualidade), será requerida uma nova amostra.

As amostras devem ser enviadas com uma identificação clara e concordante com o formulário de submissão das amostras. Devem ser enviados os resultados do controlo de qualidade efectuado.

Em caso de dúvida ou necessidade de informação adicional relativa às amostras ou procedimentos de controlo de qualidade, por favor contacte os nossos serviços.


Plataforma ION PROTON™

Amostras de DNA para Ion Proton™

  • Para a preparação de bibliotecas em geral, são necessários 2-3 µg de DNA de elevada qualidade e com concentração aproximada de 100 ng/µL, determinado por fluorometria. O kit Qubit dsDNA HS Assay pode ser utilizado para a quantificação por fluorescência.
  • O DNA deverá ser de cadeia dupla, com um grau de degradação mínimo e não conter agentes contaminantes ou RNA. Recomenda-se a verificação da integridade da amostra por eletroforese em gel de agarose a 1% utilizando, como padrão, um marcador molecular de 1Kb.
  • As razões OD260/280 e OD260/230, determinadas por espectrofotometria (por exemplo, sistema Nanodrop), deverão estar entre 1,75 e 1,95.
  • As amostras de DNA devem ser enviadas em tampão10 mMTris-HCl, pH 8,0.

Por favor envie a imagem de um gel de agarose a 1% após corrida de 80 ng de amostra, com um marcador molecular adequado.

Amostras de RNA para Ion Proton™

  • Para a preparação de bibliotecas em geral, são necessários 50 µg de RNA total ou 1 µg RNA Poli(A) ou 1 µg de RNA após depleção de RNA ribossomal.
  • Para a preparação de bibliotecas usando a tecnologia Ion AmpliSeq™ RNA, é necessário 1 µg de RNA de elevada qualidade.
  • Recomenda-se que a concentração de RNA seja determinada por fluorometria. Para esta quantificação pode ser utilizado o kit Qubit RNA HS Assay.
  • A integridade do RNA deverá ser verificada com o RNA 6000 Pico Assay Kit no equipamento Agilent 2100 Bioanalyzer. Bons resultados são obtidos quando o número de integridade de RNA (RIN) é superior a 8.
  • O RNA deverá ser tratado com DNase para remoção de DNA contaminante.
  • As razões OD260/280 eOD260/230, determinadas por espectrofotometria (por exemplo, sistema Nanodrop), deverão ser > 1,8.
  • As amostras de RNA podem ser enviadas em água ou solução de estabilização (RNAlater) e em gelo seco.


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